兩宋、金元時期，中醫學出現了流派爭鳴的局面，涌現了金元四大家和陳直、鄒鉉等一大批著名家；同時由于宋代帝王對學十分關注，組織力量編寫了《太平圣惠方》、《圣濟總錄》之類的大型官修醫書，從而大大促進了中醫學沿著《黃帝內經》開創的思路繼續向前發展，并形成了一些自己的特色：

注意從發病學的角度探求規律。當時的中醫家已經認識到人的形體“因氣而榮，因氣而病”（《圣濟總錄》），于是主張應該努力保養氣血，調理氣機。金元四大家之一的李東垣認為“脾胃之氣既傷，而元氣亦不能充，而諸病之所由生也”（《脾胃論》），從而相應地提出了要務在于保養脾胃之氣的理論主張。同為金元四大家的失丹溪則改弦易轍，強調陰精對人體的重要作用，認為人的一生“陽常有余，陰常不足”（《格致余論》），因而在治病和方面都以滋陰為主。

注重聯系老年生理特征探求長壽之道。，鄒鉉《壽親養老新書》從老年人的生理特點出發，認為老人精神真氣及五臟衰弱耗竭，腸胃虛薄，喜怒性情不定，類似兒童，且孤僻易于傷感，故應重視飲食調養、精神調攝，怡情悅志，以及順應四時氣候變化以。宋丹溪在《格致余論·茹淡論》中則結合老年人的生理特點，提出了以植物性食物為主的老年食譜。

宋代以后，由于真宗、徽宗等皇帝狂熱崇道，使得道教宗派迅速蕃衍，道教理論有所深化。在眾多道教流派和五花八門的道教學說中，內丹派理論影響最大，并相繼出現了陳摶、丘處機、王珪等著名道教家。

陳摶所著的《指玄篇》、《陰真君還丹歌注》、《二十四氣坐功導引治病圖》均為闡述道教丹丹派理論和方法的重要專著，其中又以后者在民間流傳最廣。

丘處機的思想除了強調“全神煉氣”、養氣內守之外，還著有《攝生消息論》一書。

王珪在所著的《泰定主論》中論述了婚后至孕育和嬰幼、童壯、衰老諸階段的生理調攝，疾病治療等問題，很有特色。尤其是書中關于藥食的觀點，更具創見。

有宋一代，儒家一反漢唐專治經學的傳統，轉而引釋、道入儒，從而形成了獨樹一幟的理學。當時的理學家認定“理”是先天存在的、是永恒而至高無上的。為了窮究此“理”，理學家們提出了“去人欲、存天理”的總原則，而靜坐則被視為實現這種原則的最有效的途徑之一。盡管“去人欲、存天理”的理學原則本身是與人們的目的相悖的，但靜坐方式卻包含了積極的意義。以北宋著名理學家邵雍為例，“靜坐”固然被他視為窮理盡性的主要方法，但在“靜坐”窮理的實踐過程中，邵雍同樣感到了這種方式所具有的功效。因此，在他的某些詩作，如《何處是仙鄉》中，就寫出了一種獨特的靜坐感受。

對靜坐感受最深的，大概莫過于南宋理學。由于晚年健康狀況甚差，所以朱熹十分傾心符合其理學大師身分和經歷的靜坐法。據《宋元學案》記載，為了提高和加強靜坐的效果，朱熹還作有《調息箴》一首。