豆芽含水量很大，保存不方便。根據豆芽質地嬌嫩，含水量大的特點，一般保存起來有兩種方法，一種是用水浸泡保存，另一種是放入冰箱冷藏。長時間用水浸泡容易導致營養物質流失，而且有實驗研究表明，溫度是影響綠豆芽褐變與黏腐的主要因素，因此，放冰箱低溫保存更適合豆芽。有許多人試圖用熱水焯過保存，但這種保存效果更差。

家里買豆芽如果買多了，一定要先將剩下的豆芽擇洗干凈，褐變的豆芽都要丟棄，掐掉根須，因為根須上易沾有更多的細菌，如果不丟棄會加速豆芽的腐變。然后用清水洗凈，控干水后密封裝進保鮮袋中，盡量排出袋內的空氣，打好結，再將另一保鮮袋套上，再打上結，使外界空氣不能進入或進入少許，放入冰箱保存。不同的豆芽保存的時間長短也不一樣的。黃豆芽保存的時間較長，綠豆芽則較短，但都不宜超過兩天。