凡出現上述癥狀中的部分表現而經有關檢查排除病變者，均可以認為處在亞健康狀態。但有時需要和一些常見疾病進行鑒別，以免耽誤治療時機。

貧血：貧血患者也可以出現頭暈、頭痛、乏力、心慌、多汗、暈厥、月經不調，但尚有面色蒼白、粘膜發白、易感冒、血色素低等癥狀，可以通過血常規化驗和骨髓穿刺鑒別。

器質性心臟病：由高血壓、冠狀動脈硬化、風濕熱、肺動脈高壓、病毒感染等病因引起的器質性心臟病，也可以有胸悶、心悸、心律不齊等癥狀，但一般體檢和心電圖檢查可以發現相應陽性體征，而亞健康狀態卻表現正常。

神經衰弱：亞健康狀態與神經衰弱在臨床表現上十分相似，實驗室檢查也屬正常，故鑒別起來比較困難。但神經衰弱一般病史較長，神經系統的癥狀更突出一些，而且常有藥物治療史，亞健康狀態的全身癥狀更多一些。